Чаршијата за време на Втората светска војна

На шести април 1941 година над Скопје се појавуваат авионите на нацистичка Германија кои жестоко го бомбардираат градот, а само еден ден подоцна на неговите улици ќе се појават германките трупи. Меѓутоа, тие го продолжуваат својот смртоносен поход кон југ, оставајќи им го Скопје и поголемиот дел на Македонија на својот сојузник – фашистичка Бугарија. Чаршијата иако, економски уништена и стопански мртва, активно се вклучува во народно – ослободителната борба. Таа е место каде што се подготвуваат илегални акции против непријателот и засолниште на припадниците на Народноослободителното движење. Впрочем, во непосредна близина на Алаџа џамија се наоѓа куќата во која од 1942 до 1944 година престојувале и одржувале состаноци членовите на Покраинскиот комитет на КПЈ за Македонија и на Оперативниот штаб.
Во непосредна близина на ЛКамениот мост, на местото на денешна Комерцијална банка пак, се наоѓала куќата каде била сместена првата илегална работилница за оружје, муниција и диверзантски материјал.
За време на бугарската фашистичка окупација на Скопје, градот и Чаршијата остануваат без своето еврејско население, кое повеќе векови играло значајна улога во нивниот стопански, особено трговски живот. На 11 март 1943 година од Скопје и Македонија беа депортирани околу 7 200 Евреи, кои исчезнаа во концентрациониот логор Треблинка и другите нацистички фабрики на смртта.
Покрај тоа од страна на окупаторот се врши немилосрдно уништување и ограбување на непроценливото културно богатство на градот и на неговата чаршија. Ограбен е и опожарен соборниот храм Света Богородица, до темел е разурната синагогата Бен Јаков, ќе настрада и најстарата џамија на Балканот, Меддах џамијата...